需要关注的另一个耗氧因子是“泥”呼吸，尤其是对虾养殖中后期池塘。池底残饵粪便大量积累，池底有机物分解需要消耗大量氧气。养殖池塘减少耗氧关键是提高饲料利用率，减少残饵。大量文献研究表明使用芽孢杆菌后会大大降低养殖池塘cod，那cod与养殖池塘的溶解氧有什么关系呢？我们首先科普一下所谓的cod，cod是指水体中能被氧化的物质进行化学氧化时消耗氧的量，一般以每升水消耗氧的毫克数来表示。也就是说使用芽孢杆菌可以降低池塘的耗氧水平，起到减少氧气消耗的作用。说到底，引起养殖池塘大量缺氧的主要原因是水呼吸和泥呼吸，而水呼吸和泥呼吸的大小主要取决于养殖池塘有机物的含量。使用芽孢杆菌可以分解水体有机物，减少有害菌厌氧发酵，进而起到降低池塘cod作用，只是这个过程相对较长。
吸附在芽孢杆菌表面的cd离子能够与可溶性或不可溶性的生物多聚物发生螯合作用，形成cd（oh）2、cd3（po4）2、cds、cdco3等沉淀，使重金属固定。孙静等通过扫描电镜观察cd胁迫下的地衣芽孢杆菌发现，地衣芽孢杆菌细胞壁存在大量含cd2+的颗粒。刘红娟等发现，在cd浓度为150mg/l的条件下，蜡状芽孢杆菌的细胞壁和菌体表面有大量cd沉淀物存在，无cd条件下则没有。芽孢杆菌在含高浓度cd的液体培养基中培养时能在细胞表面形成沉淀或吸附cd沉淀，从而富集重金属cd。
最常见的是养殖池塘有机物含量过多，健康藻类含量低，不管此时是否使用芽孢杆菌，都容易发生缺氧，此时应该开启增氧机，使用化学增氧类底质改良剂，提高养殖池塘溶氧量，降低缺氧风险。虽然芽孢杆菌是耗氧菌，但芽孢杆菌的耗氧量对于养殖水体的溶氧量来说微乎其微，可以忽略不计。使用芽孢杆菌时我们应该注意的是池塘的环境是否有机负荷过重，是否存在缺氧风险。如存在上述风险，建议多开增氧机或配合投放增氧剂。

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