有的淘宝卖家开店违规了，且被淘宝擅自从支付宝余额扣钱作为淘宝店铺保证金了才知道，淘宝有扣钱的权利，那淘宝平台的这样的行为是不是合法的?
合法的，因为其合法性来源于双方签订的协议。
卖家保证金当前余额低于其应缴存保证金额度的，淘宝网将从卖家绑定的支付宝账户中自动扣除相应余额予以补足，可查看《淘宝网保证金管理规范》中第七条说明。
一、能否要回?
不一定能。
你得看清楚为什么扣的，你可以去做申诉退回，如果是你违规导致的话一般就会被扣了。
二、保证金的规则是什么?
1、额度说明
【基础额度】
1.定义：指根据卖家所有成交订单情况及商品对应的类目需要缴存的保证金额度。
2.额度
(1)卖家开店后无成交的，基础额度为0，暂无需缴存保证金。
(2)卖家开店后出现首个成交日的，以当天订单商品对应的类目额度取最高值作为其保证金额度。
(3)淘宝网在每月6号，根据卖家店铺上个自然月成交订单商品对应的类目额度取最高值作为其保证金额度，若上个自然月无成交则以1000元作为其保证金额度。
【违规风险额度】
1.定义：指卖家因违反相关规则需要缴存的保证金额度。
2.额度
根据淘宝网对卖家违规风险的综合评估，或卖家经营期间发生的违规行为，淘宝网视情节严重程度对卖家保证金额度即时进行提升，直至违规风险消除。
2、缴存
卖家须按照保证金额度要求在72小时内通过现金或保险完成足额缴存，具体缴存方式以保证金管理页面提示为准。卖家未足额缴存保证金的，淘宝网视情节严重程度可采取延长交易账期、限制参加营销活动、屏蔽店铺、监管账户、支付宝账户管控措施等。
3、补缴
淘宝网调整保证金额度或划扣保证金，导致卖家保证金当前余额低于其应缴存保证金额度的，淘宝网将从卖家绑定的支付宝账户中自动扣除相应余额予以补足。若卖家支付宝余额不足以补足，且在72小时内未主动补足保证金的，淘宝网视情节严重程度可采取延长交易账期、限制参加营销活动、屏蔽店铺、监管账户、支付宝账户管控措施等。
淘宝平台擅自扣钱是因为卖家的违规所导致的结果，而这也是卖家和平台之间的约定，而淘宝平台是不会没有缘由就扣卖家的钱，因为淘宝不会傻到要犯法。